西暦2059年。


超長距離移民船団マクロス・フロンティアに、

マクロス・ギャラクシー船団出身の

トップ・シンガー、シェリル・ノームが

コンサートのために来艦する。


そんなシェリルに憧れる女子高生、ランカ・リーは、

念願だったシェリルのコンサートに急ぐ途中、

パイロット養成コースの高校生、早乙女アルトと出会う。


そんな中、突如フロンティアは未知なる敵と遭遇。


しかも敵は地球人でも異星人でもなく、

未知の宇宙生物だった!


強力な攻撃能力により、

次々とダメージを受ける新統合軍部隊…。

やがて宇宙生物は市民たちの居住エリアに侵入。

平和な宇宙船の中も、ひとたび戦闘状態となれば、

人工的な環境制御が停止してしまう危険性をはらんでいるのだ。


事態の収拾に向け、

ランカのたった一人の身よりである兄・オズマ

率いる特殊軍事部隊S.M.SのVF-25部隊が出動する。


はたして、宇宙生物の目的は?


そしてマクロス・フロンティアの運命は…! ?

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